10月9日，方舟子在微博上呼吁司马南卸载360安全浏览器，称其“不安全”。此后，方舟子连发微博，句句针对360的安全问题。

      360发出措词强硬的声明，回应方舟子质疑，声明中称：百度摸黑360安全浏览器、遏制360搜索，必是徒劳无益。有网友爆料称方舟子被百度以金钱收买和利用，以所谓“打架斗士”的身份和司马南一唱一和，频频出恶语攻击360浏览器。而奇虎360董事长周鸿祎也在个人微博上称，这是360搜索引擎竞争对手之一的百度在摸黑360浏览器，试图遏制360搜索的发展。截至目前，周鸿祎本人的电话一直未能接通。

      10月11日，在知名打假斗士、科普作家方舟子发文称360安全浏览器根本不安全后，360今日宣布投资千万设搜索打假基金，并向方舟子发出邀请，邀请请方舟子担任搜索打假基金首席顾问。

      不过，方舟子马上出来公开回应，称“奇虎360刚刚造谣说我‘被百度以金钱收买和利用’，马上自己就要拿出1000万来收买我当‘首席顾问’，这脸翻得比一般的流氓都快。

      方舟子还称：“我从来不拿别人的钱打假，即使掏出一亿出来请我当‘超首席顾问”也没有用。要是愿意把这1000万作为造谣损害我名誉权的赔偿金，我倒是欢迎。”

      据了解，方舟子近日将矛头指向360，称360安全浏览器在使用过程中会收集用户大量隐私，并且被媒体屡次曝光产品缺陷问题，因此建议司马南等公众人物慎用。随后司马南称与360安全浏览器彻底拜拜。

      方舟子还提醒说，今年8月有国外网站指控360杀毒软件向用户假报微软Windows系统有漏洞，然后把360浏览器伪装成微软补丁(文件名模仿微软补丁文件名)误导用户安装360浏览器，并附上国外网站对此事的分析。

      360则在其官方微博上称：“有网友爆料方舟子被百度以金钱收买和利用，以所谓'打假斗士'的身份，与司马南一唱一和，频频出言恶语攻击360安全浏览器，充当打击360的马前卒。”

      方舟子今日做客腾讯微访谈就做出回应，称“未收过百度、金山或任何其他公司的钱，说别人收受贿赂是严重的指控， 是要有证据的，否则是造谣和诽谤。”

      方舟子还强调，之前在新浪微博上质疑奇虎360的微博经常被封杀，在可预见的未来他都不会重返新浪微博。据方舟子透露，事发当天下午和晚上，奇虎360公司高管通过各种关系想要私下“沟通”均被他拒绝。